菲律宾附近的水域也有重要的战略意义。菲律宾靠近南海（中国已将那里的一系列沙堆变成了军事基地）的西海岸水域海底植物茂盛，是潜艇隐形活动的理想之地。
“因为潜艇，你需要支配菲律宾的海域，”乔治·W·布什任总统期间的国家安全委员会亚洲问题专家迈克尔·格林说，他现在是悉尼大学美国研究中心的负责人。“如果你能想象的话，那里海底的地形像丛林——潜艇可以偷偷出入。”
美国海军陆战队已提议该地区的部队应转向小型化，一旦因台湾问题与中国发生战争时，可将这些小型部队部署到偏远岛屿上发动导弹袭击，提供后方支援和反击，或进行情报收集。美国军事规划者把菲律宾的岛屿与日本的岛屿一起，视为进行这种战术的最重要地点之一。
“我想会看到这些小型海军陆战队更频繁地部署，让它们轮换进入基地，与菲律宾部队一起训练，进行联合演习，”格雷戈里·波林说，他是华盛顿战略与国际研究中心东南亚部的高级研究员兼亚洲海事透明度倡议主任。
美国军队已经可以进入的五个现有基地是，马尼拉附近的塞萨尔巴萨空军基地和麦格赛赛堡，位于中部省份宿务的麦克坦—贝尼托埃本空军基地，东部巴拉望岛上的安东尼奥·鲍蒂斯塔空军基地，以及南部的伦维亚空军基地。自从2016年获准进入以来，美国一直利用这些基地进行建设、提前安装防御设施。
30年前，美国在菲律宾的驻军曾触动过许多菲律宾人的痛处。菲律宾人曾把美国在菲律宾保持了近一个世纪的军事基地视为美国殖民统治的残留部分。1992年，菲律宾暴发了街头抗议，该国参议院决定收回基地后，美国不得不关闭在菲律宾的最后一个军事基地。
但随着中国开始对南海进行军事涉入，菲律宾公众对美军在该国存在的看法发生了转变。